De 2006 até 2010, a Fapeam também possui assegurados R$ 40 milhões em recursos captados. O CNPq ainda se apresenta como a agência que mais gera interlocução com o Estado do Amazonas para construção de parcerias.

Entre as instituições que recebem recursos da Fapeam através de parcerias, a Universidade Federal do Amazonas (Ufam), aparece em primeiro lugar, tendo recebido R$ 35 milhões em 2007. Logo em seguida vem o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (Inpa), com R$ 29 milhões; Universidade do Estado (UEA) com 11 milhões; Centro de Biotecnologia (CBA), com 8 milhões; Fundação de Medicina Tropical, com R$ 3 milhões, e Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz), com R$ 2 milhões.

No ano passado, também foram concedidas 266 passagens aéreas através dos Programas Pape e Parev, e os conselheiros conheceram novos programas como o Programa Institucional de apoio à Pós-Graduação Stricto sensu (POSGAD), o Programa de Consolidação do Sistema das  Instituições Estaduais de Ensino e Pesquisa (PRÓ-ESTADO), o Programa Integrado de Pesquisa Científica e Tecnológica (PIPT), o programa Desenvolvimento Científico Regional (DCR – Fluxo Contínuo) e o programa de apoio às Olimpíadas em Ciências (Olimpíadas – Fluxo Contínuo).