Na edição 2006 do APCN foram incorporadas as sugestões de melhorias dos usuários do sistema. Do total de 507 propostas encaminhadas neste ano, 158 programas de pós-graduação preencheram o item "sugestões", incluído pela Capes para aperfeiçoar o sistema. A maior parte das sugestões foi atendida e tratava de alterações técnicas. Outra reivindicação atendida foi a ampliação do prazo para o preenchimento do aplicativo. Na edição anterior, as coordenações de pós-graduação tiveram 45 dias para fazer o trabalho; agora terão mais de 90 dias.

O diretor de Avaliação da Capes, Renato Janine Ribeiro, espera que o APCN 2006, ao ser aberto com antecedência, permita que as instituições possam preenchê-lo com mais tranqüilidade. Para Janine, a grande novidade na antecipação da abertura e na fixação do fechamento do APCN para o final de março, é que um razoável número de cursos poderá ser aprovado a tempo de eles entrarem em funcionamento, já no segundo semestre de 2006.

De acordo com a coordenadora de Acompanhamento e Avaliação da Capes, Rúbia Silveira, para preencher de forma adequada o aplicativo é importante que os usuários façam a leitura do Manual de Preenchimento. No documento eletrônico eles devem comprovar a capacidade de oferecerem um curso de qualidade. Entre as informações necessárias estão a qualificação do corpo docente, a produção científica de cada um, as instalações de laboratórios, e a capacidade de produção de conhecimento. O APCN ficará aberto para envio das propostas até o dia 31 de março de 2006.